私も全く同じ現象で悩んでいます。
使用しているのはキーボード：MX keysとマウス：MX Master 3Sです。
Logiopsions+をインストールしたPC間を、Flowを利用して切り替えています。
切り替えている2台のPCはどちらもWindowsで、現時点で最新のLogiOptions+にアップデートしても同事象が発生しました。

切り替え方法「CTRLを押しながらカーソルを端に移動させます」をONにしている状態だとPC①→②切り替え時は問題ありませんが、PC②→①に移動すると当該事象が発生し、CTRLキーが押しっぱなしの状態になります。一度CTRLを押せば解除されます。致命的な欠陥ではありませんが、地味にストレスを感じており不便です。

「カーソルを端に移動」を設定している状態であれば当該事象は発生しないのですが、誤操作を避けるためにこのオプションは設定したくありません。

私も当初はこの事象が発生していませんでしたが、1年～2年ほど前くらいからこの事象が発生するようになったような気がします。(うろ覚え)

デバイス構成
・MX Ergo (Unifying/Bluetooth)
・MX Mechanical (Logi Bolt/Bluetooth)
PC1: ノート WIndows11
・マウス: Bluetooth接続
・キーボード: Bluetooth接続
PC2: デスクトップ Windows10
・マウス: Unifying接続
・キーボード: Logi Bolt接続

上記の環境でFLOWを使用しており、PC1→PC2→PC1への切り替え時に確定でこの事象が発生します。
PC1→PC2の際にPC1でCTRLキーが入力されたままになっており、再度PC2→PC1へ切替時もPC1でCTRLが入力されたままとなるようです。

両PCでスクリーンキーボードでキー入力を確認したところ以下の結果となりました。
1. CTRLキーを押しながらFLOWでPC1→PC2へ切り替え
・PC1側：CTRLキーの入力が継続
・PC2側：正常動作
2. 再度CTRLキーを押しながらFLOWでPC2→PC1へ切り替え
・PC1側：CTRLキーの入力が継続
・PC2側：正常動作

私の場合はこの後、切り替えに使用したCTRLキーを再度押下することで事象が解消されます。
原因は不明ですがFlOWはとても便利なので改善を期待しています。

この事象あります。1秒ほどするとCTRLが外れますが、一瞬CTRLが有効になることで、ブラウザなど画面がズームイン／ズームアウトしてしまい、不便です。
なお、Logicool Option+ではなく、Logicool Optionを利用しています。

私の場合はMacからWindowsにCtlを押しながら移動させると同様の事象が１００％発生します。Smart Action とかAIとかの追加機能を入れ始めたあたりから発生するようになりました。PCを切り替える度にShift＋Ctl＋Delを押してESCでキャンセルして解消しています。Flowの意味が全くありません。