Seit dem Update auf Version 0.90.4038 funktionieren meine anwendungsspezifischen Einstellungen nicht mehr.
(Ich hatte für die Apache Netbeans-IDE den beiden Daumentasten Tastekürzel für eine Vor- bzw. Zurückaktion in NetBeans zugeordnet, nun führen diese Tasten aber nur noch die globalen Aktionen aus, nicht mehr die für NetBeans eingerichteten.
Neustart des Rechners, Löschen der Applikation aus der Liste und Neueinrichtung der Kürzel hat nicht geholfen.